Appenzellers hebben een levensverwachting van 11-13 jaar. Uitschieters van ouder dan 16 jaar zijn mogelijk. Zij hebben dus de langste levensverwachting van de verschillende Sennenrassen. Door het feit dat bij de start van de fok op de raszuiverheid dit ras de grootste groep vertegenwoordigers telde, gaat men er van uit dat daardoor weinig van inteelt sprake kon zijn.
Punten van aandacht zijn de gewrichten.
Om te mogen fokken volgens de regels van de vereniging moeten de ouders een HD (HeupDysplasie) en PL (Patella Luxatie) onderzoek hebben gehad.
Zie op de site van de Raad van Beheer voor de lijst met dierenartsen die deze onderzoeken volgens de regels van de Raad van Beheer uitvoeren: www.houdenvanhonden.nl.
Heupdysplasie: De hond dient ten tijde van het onderzoek minimaal 18 maanden oud te zijn. Voor een reu van een in het buitenland wonende eigenaar dient het onderzoek verricht te zijn door een door de F.C.I. erkende instantie of dierenarts.
Patella Luxatie: De beide ouderdieren dienen door een voor dit onderzoek volgens het Meutstege-protocol erkende dierenarts onderzocht te zijn op het voorkomen van Patella Luxatie en met “vrij”, hetzij maximaal Graad 1 beoordeeld te zijn. De hond dient ten tijde van dit onderzoek minimaal 12 maanden oud te zijn. Voor een reu van een in het buitenland wonende eigenaar dient het onderzoek verricht te zijn door een door de buitenlandse rasvereniging erkende instantie of dierenarts.
Verder wordt er vaak een Elleboogdysplasie onderzoek (ED) gedaan. Dit is echter niet verplicht.